A támogatás folyósítására, kifizetésére három alapesetet ismert:
- utólagos elszámolással: a támogatási döntés kedvezményezettje (továbbiakban Kedvezményezett) által benyújtott számlákon (vagy azzal azonos értékű számviteli bizonylatokon), valamint a kifizetést igazoló dokumentumokon alapuló elszámolás. A támogatás folyósítása a gazdasági és pénzügyi teljesítés igazolása mellett teljesítés és forrásarányosan történik, a Kedvezményezett által rendelkező levélben megjelölt bankszámlaszámra.
- a Kedvezményezett által benyújtott előleg igénybe vételi kérelem alapján folyósított támogatás
- a támogatás folyósítása a szállító által a Kedvezményezetthez benyújtott, de a Kedvezményezett által még ki nem fizetett számlák alapján történik, közvetlenül a szállító bankszámláján történő jóváírással.
A támogatások finanszírozásának alapját a hatályos támogatási szerződések, azok mellékletei, valamint a kapcsolódó pályázati dokumentumok alkotják. A támogatások pénzügyi lebonyolítását végző szervezet, a szerződés dokumentumainak teljes körű ellenőrzését követően, a Kedvezményezett számára Tájékoztatót küld, amelyben a támogatás elszámolásával kapcsolatos teendőket ismerteti, illetve segítséget nyújt részére a támogatás igénybevételéhez benyújtandó kifizetés igénylési dokumentáció (pénzügyi elszámolás) összeállításához.
A Kedvezményezettnek, a vissza nem térítendő támogatások folyósítását a pénzügyi elszámolás benyújtásával kell kezdeményeznie, a beruházás megkezdését követő 3 hónapon belül.
A pénzügyi elszámolásnak a következőket kell tartalmaznia:
- a Kedvezményezett nevére szóló, a teljesítéseket igazoló eredeti számlákat, vagy azok hiteles másolati példányát, a támogatási szerződés azonosító számának feltüntetésével, illetve a Kedvezményezett cégszerű aláírásával a teljesítés igazolása céljából
- a vásárolt eszköz átvételét igazoló fuvarlevelet, az átadás-átvételi igazolást, jegyzőkönyvet
- a vámokmányt, a vám-árunyilatkozatot (harmadik országból való beszerzés esetén)
- a szállítólevelet (EU-n belüli beszerzés esetén)
- az adott számlák pénzügyi teljesítését igazoló bizonylatokat: bankszámla kivonatot, banki igazolást, kiadási pénztárbizonylatot
- Számlaösszesítőt, Rendelkező levelet, Költségösszesítőt cégszerű aláírással
- a teljesítési jegyzőkönyvet az építési munkák készültségi állapotáról
- a dokumentáció mérlegképes könyvelő által történő ellenjegyzését, regisztrációs számának feltüntetésével.
- saját rezsis beruházás esetén a számviteli törvény rendelkezéseinek megfelelő belső bizonylatokat, amelyek tartalmazzák a beruházás során felmerült közvetlen költségeket
- a rezsiköltség, valamint a személyi jellegű ráfordítások elszámolási űrlapokat, cégszerű aláírással
- a projekt-előrehaladási jelentést
- egyéb, a pályázati kiírásban előírt dokumentumokat
A Kedvezményezett által benyújtott kifizetés igénylési dokumentációk, a pénzügyi elszámolások a 217/1988. (XII. 30.) Kormány rendelet, a 360/2004. (XII. 26.) Kormányrendelet, a 14/2004. TNM-GKM-FMM-FVM-PM együttes rendelet, illetve a hatályos számviteli és adótörvények szerint kerülnek ellenőrzésre.
A benyújtott számlákat a Közreműködő Szervezet alaki és tartalmi szempontból is ellenőrzi, meggyőződik azok valódiságáról - megfelelnek-e a többször módosított, 1992. évi LXXIV. Általános Forgalmi Adóról szóló törvényben foglaltaknak -, illetve arról, hogy azok ténylegesen a projekthez kapcsolódnak-e.
A számlák tartalmi ellenőrzése különösen kiterjed az alábbiakra:
- előleg számlára támogatás nem folyósítható
- a benyújtott beruházási költségszámlák, és a teljesítésigazolások összhangban kell, hogy legyenek a műszaki- és pénzügyi teljesítési ütemezéssel
- a támogatások igénybevétele teljesítmény és forrásarányosan történhet
- ha a projekt költségei meghaladják a támogatási szerződésben rögzített összeget, a többletráfordítást a Kedvezményezett köteles ellensúlyozni, vagy saját forrása növelésével, vagy egyéb idegen forrás igénybe vételével.
- a támogatási szerződésben megjelölt biztosíték hiányában a forráslehívás nem indítható
- az éves támogatási keret terhére történő elszámolás alapja a tárgyév december 31-ig, a Kedvezményezett által kifizetett - pénzügyileg teljesített - beruházási költségszámlák összege alapján számított támogatási összeg. Az elfogadott támogatási összeg nem lépheti túl a támogatási szerződésben foglalt támogatási ütem alapján jóváhagyott éves támogatási keretet! (14/2004. TNM-GKM-FMM-FVM-PM együttes rendelet 28.§.)
Az alaki és tartalmi ellenőrzést - elsődleges ellenőrzés - egy un. jóváhagyási ellenőrzés - másodlagos ellenőrzés - követi, majd elkészül az ellenőr és a jóváhagyó aláírásával ellátott folyósítási lap. A számlák alaki és tartalmi hiányossága esetén a Közreműködő Szervezet felszólítja a Kedvezményezettet a hiányosság/hiányosságok megszüntetésére. A hiánypótlás nem, vagy nem megfelelő teljesítése esetén a támogatás elszámolására nincs lehetőség.
A Közreműködő Szervezet az ellenőrzéseket követően az elismert kiadások arányában megállapítja a jogos támogatási összeget, és benyújtja az Irányító Hatóságnak - a Kedvezményezett részére történő kifizetésekhez szükséges - forráslehívási összesítőt, (forráslehívási igényt) és a hitelesítési jelentést (a támogatások alapjaként figyelembe vett költségek elszámolhatóságának az igazolását) jóváhagyásra. Az Irányító Hatóság a jóváhagyást követően intézkedik a Magyar Államkincstár felé a támogatási összegnek a megfelelő lebonyolítási számlán történő jóváírásáról. A Kincstár megküldi a Közreműködő Szervezetnek a lebonyolítási számlán történő jóváírást igazoló bankszámlakivonatot, majd ezt követően a Közreműködő Szervezet utalványozása alapján a Magyar Államkincstár Budapesti Igazgatósága folyósítja a támogatási összeget a Kedvezményezett által a Rendelkező levélben megjelölt bankszámlaszámra.
Az Európai Unió Strukturális Alapjainak támogatásával megvalósuló programok esetében - bizonyos feltételek mellett -, a jóváhagyott támogatási szerződés szerinti támogatási összeg 25 %-a erejéig, a Kedvezményezett kérelme alapján - "Nyilatkozat az előlegről" - előleg nyújtható. (Az államháztartás működési rendjéről szóló 217/1988. (XII. 30.) Kormányrendelet 91. §.)
Az előleg igénybevételi kérelmek ellenőrzésekor a Közreműködő Szervezet megvizsgálja az előleg igény jogosságát, az igényelt összeg helyességét, a támogatási szerződésben előírt fedezet Kedvezményezett részéről történő biztosítását.
Amennyiben előleg folyósítására került sor, - a benyújtott pénzügyi elszámolások ellenőrzését követően - az időszaki támogatás mindaddig folyósítható, amíg a folyósított előleg és a számlák alapján folyósított támogatás el nem éri a teljes - jóváhagyott -támogatási összeg 80 %-át.
A Kedvezményezett az előleg igénybe vételét követően bármikor kezdeményezheti az előleggel történő elszámolást. Köteles visszafizetni az előleget, amennyiben nem nyújt be pénzügyi elszámolást a Közreműködő Szervezethez, az időszaki fizetéshez, az előleg fizetésétől számított hat hónapon belül, illetve a benyújtott pénzügyi elszámolás a támogatás nem rendeltetésszerű felhasználásáról tanúskodik.